Na hirurškoj klinici Bolnice Koševo 1956. godine je po prvi put formirano odjeljenje dječije hirurgije.

Godine 1979. formirana je Klinika za dječiju hirurgiju kao dio Univerzitetskog medicinskog centra i tako postala jedina Klinika za dječiju hirurgiju na prostoru Bosne i Hercegovine. Takav način organizacije uslovio je da Klinika postane edukativno-nastavni centar dječiju hirurgije BiH i mjesto gdje su, od tada, mnoge generacije dječijih hirurga dobijala znanja iz ove grane hirurgije.

Od 1992. godine postoji kao organizaciona jedinica u sastavu Kliničkog Univerziteta u Sarajevu.

Klinika za dječiju hirurgiju je stručna, naučna i edukaciona instutucija KCUS-a iz oblasti dječije hirurgije.