Klinička mikrobiologija KCUS ima za cilj da građanima Bosne i Hercegovine pruži usluge iz oblasti mikrobiološke dijagnostike, prateći savremene zahtjeve medicine i da otvori nove mogućnosti istraživačkog rada iz svih oblasti mikrobiologije.

Klinička mikrobiologija je baza za edukaciju i naučnoistraživački rad u kojoj zdravstveni profesionalci različitih usmjerenja stiču laboratorijske vještine i teoretska znanja. U komunikaciji sa stručnjacima i naučnicima u zemlji i inostranstvu, traže se rješenja stručnih i naučnih problema, te razmjenjuju iskustva iz oblasti  mikrobiologije (virusologije, bakteriologije, mikologije, parazitologije, infektivne imunologije, molekularne mikrobiologije), kao i bliskih disciplina imunologije, citologije, infektologije, onkologije, epidemiologije, higijene i dr.

Vizija Kliničke mikrobiologije je dvostruka; podignuti kvalitet laboratorijske dijagnostike na najviši nivo, pridržavajući se svjetskih standarda naučnog i stručnog rada, te stvoriti savremenu naučnu bazu u oblasti biomedicine.