Klinička apoteka je organizaciona jedinica Kliničkog centra Univerziteta u Sarajevu (apoteka zatvorenog tipa), koja prema organizacionoj strukturi pripada Kabinetu generalnog direktora. Kao posebna organizaciona cjelina postoji od osnivanja Zemaljske bolnice u Sarajevu.

Apoteka raspolaže savremenom opremom, razvijenim informacionim sistemom i educiranim stručnim kadrom, što omogućava efikasno snabdijevanje svih organizacionih jedinica Kliničkog centra lijekovima, medicinskim sredstvima, dijagnostičkim sredstvima, hemikalijama, te galenskim i magistralnim pripravcima iz vlastite proizvodnje.

Klinička apoteka ima i značajnu edukativnu ulogu kao nastavna baza za obuku farmaceutskih tehničara, magistara farmacije i specijalizanata.